Resumo
A resposta é uma só: não devemos usar funções da extensão "mysql" pelo seu desenvolvimento ter sido descontinuado; a extensão vai se tornar obsoleta em breve, ou seja, código que utilize essas funções não irá funcionar em futuras versões do PHP.
Detalhes
Um usuário do site Stack Overflow em inglês escreveu: "there is no security problem with library itself but rather with library users" (não há problemas de segurança com a biblioteca em si, mas sim com os usuários ...
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